合同会社でも宅建免許の申請は可能ですが、ケースとしては少ないと言えます。

合同会社は一般的な株式会社の役員構成等と比較すると自由性が高く、代表者（合同会社で言う代表社員）を個人はもちろん、法人も代表者になることが可能です。

合同会社の代表社員を法人が行う場合の宅建免許申請ですが、年間100件以上の宅建業務に携わる当事務所でも1年に1件あるかないか程度です。
ですから、このような免許申請の案件を扱ったのことのある行政書士事務所も少ないため、情報が少ないかと思います。

合同会社で代表社員が法人の場合、「職務執行者」という役職に個人が就くことになります。
代表者が法人でも業務を実際に行うのは個人のため、職務執行者が別途必要になります。

宅建免許申請における添付書類として、役員や専任取引主任者に求められる書類で身分証明書や登記されていないことの証明書、略歴書などがございますが、合同会社で代表社員が法人の場合は、職務執行者個人のこれらの書類を収集することになります。

地域に応じて、書類への押印方法などは異なりますので、以上のような宅建免許申請をご検討の方は、予め申請される地域の審査担当に申請方法の確認を取るか、当事務所にご相談下さい。
東京都以外の地域はこのような手続きを扱ったことが全くない地域も存在しますので、いきなり書類を持って行っても受理されないケースもあります。従って、予め電話をしておきこのような申請方法を取る旨お伝えしておいた方が良いでしょう。

当事務所では東京以外の地域でこのような申請方法を取ったケースが何件かございますが、その時は審査担当が全く対応方法が分からず時間がかかりました。
効率良く宅建免許申請を行えるよう以上を参照の上、申請方法をご検討頂ければと思います。